1942 bis 1945 erfolgt im Rahmen der Anbauschlacht nach dem „Plan Wahlen“ die Melioration und Güterregulierung der Suhreebene zwischen den beiden Entfelden und Suhr („Zweite Suhrekorrektion“). Ziel ist es, die Feuchtebenen durch Ackerland, vor allem für den Kartoffelanbau, zu ersetzen. Das Gewässersystem wird auf zwei Leitgewässer, die Suhre und die Ürke, reduziert, welche begradigt und deren Sohlen tiefer gelegt werden. Dadurch wird der Grundwasserspiegel gesenkt, die Quellen trockengelegt und das Wässermattensystem aufgegeben.
Der Stadtbach wird von nun an nicht mehr von Quellen,sondern über einen neu gebauten Anschluss direkt von der Suhre mit Wasser gespiesen und öffnet sich somit dem Fischbestand der Suhre.
Das Schutzgebiet rund um die Aarauer Grundwasserfassungen in den Brüelmatten wird von den Meliorationsarbeiten weitgehend verschont (nur extensive Nutzung für Graswirtschaft). Hier sieht man heute noch den Charakter der ehemaligen Wässermattenlandschaft: Bodenwellen zeigen den Verlauf der früheren Wässerungsgräben an.
Das zunehmende Bewusstsein für den Naturschutz führt 1995 zum Projekt „Aufwertung Suhre“ mit dem Ziel der Wiederherstellung naturnaher Lebensräume im ehemaligen Quellgebiet des Stadtbachs:
Anlegen von Amphibienlaichgewässer
Schifflibach wird renaturiert (Vernetzung mehrerer Feuchtstandorte)
zusätzlich zur Schutzzone des Aarauer Grundwassers in den Brüelmatten wird eine 2 ha grosse Naturschutzzone mit Niederhecken, Ruderalflächen, seichten Teichen und Altgrasstreifen geschaffen
Umgestaltung des Suhrekanals (Entfernung der betonierten Uferpflästerung, Beseitigung von unnatürlichen Schwellen, Setzen von Störsteinen zur Veränderung der Fliessgeschwindigkeit, Ausgestaltung eines mäandrierenden Niderwasserregimes mit Überflutungsflächen, Uferbestockung mit Hecken)
Anpflanzen von Stockweiden, Hecken und Hochstammobstbäumen
Auch der Stadtbach wird etappenweise in den peripheren Zonen (Suhr und Sengelbach im Telli-Quartier) naturiert.
1994 Einführung von Auffangbecken für die Fische (Fischasyl) zum Schutze der Fische während der Trockenlegung des Stadtbachs.
Ab 2000 wird auf die Trockenlegung des Stadtbachs während der Reinigung verzichtet. Die Wassermenge wird lediglich gedrosselt.
Im innerstädtischen Bereich erhält der Stadtbach eine neue Bedeutung als gestalterisches Element für die neu geschaffenen Fussgängerzonen:
1998 Wiederöffnung des Stadtbachs in der Pelzgasse und am Zollrain
Ab 4. März 2006 Befreiung der Altstadtgassen vom motorisierten individuellen Verkehr
30. November 2008 Annahme des Projekts „Neugestaltung der Altstadtgassen“ in städtischer Volksabstimmung. Ab 2011 Gestaltung einer Wasserrinne mit Brunnenanlage in der Rathausgasse und Metzgergasse (ca. ¼ der früheren Wassermenge, Speisung über Pumpen aus dem weiterhin unterirdisch verlaufenden Stadtbach)